禪宗在鎌倉時代傳入日本並完成建制化，通常以兩位入宋僧為座標。榮西（1141–1215）留宋學禪，1191 年返日，把臨濟宗帶入日本；1199 年他應鎌倉幕府之邀，住持為他新建的壽福寺，禪法從此與武家政權結上關係。
道元（1200–1253）1223 年入宋參學，於曹洞宗如淨門下得法，返日後主張「只管打坐」；1244 年他在越前（今福井縣）開山建寺，1246 年改稱永平寺，至今仍是日本曹洞宗的大本山。臨濟與曹洞兩支路線並行發展，坐禪自此在日本有了完整的傳承、寺院與修行制度。
兩點補充。其一，把「禪傳入日本」壓縮成榮西與道元兩人，是方便的簡化：同時期還有多位入宋僧與渡日禪師參與了建制化，本頁取兩人為代表座標。其二，坊間常見「臨濟將軍、曹洞士民」的分工說法（臨濟親近武家、曹洞深入民間），那是通俗概括，本頁不把它當作嚴格的史實。