林忠次郎（1880–1940）是日本海軍退役軍醫，1920 年代初拜入臼井門下，成為臼井靈氣療法學會的重要弟子。臼井過世後，約 1927 至 1928 年間，他脫離原學會、另創「林靈氣研究會」。依教內與相關資料的記載，他的診療所配置二十名施術者、十張治療床，每位個案由兩人同時施作，並留有病例紀錄。
靈氣的教學系統裡，常把「手位法的系統化」歸功於林忠次郎，說他把以手覆蓋身體各部位的施作流程整理成可教學的形式，並編有教材。必須說明的是，這個歸功點目前只見於教內來源的一致轉述，還沒有獨立史料或學術研究直接佐證；本頁保留這個說法，但標明它的出處性質。
在傳承上，這一站的位置很關鍵：後來把靈氣帶到夏威夷與西方的高田哈瓦優，正是在林忠次郎的診療所受訓、由他授予資格的。西方主流的臼井靈氣，多半經由「臼井、林、高田」這條線傳下來。